A caixa de pesquisa permite inserir um assunto ou termo de interesse, autor, título do artigo, código DOI ou PMID e ainda acessar a busca avançada, na qual é possível selecionar algumas opções de filtros e utilizar os operadores booleanos para a combinação de palavras. A pesquisa pode ser realizada em qualquer idioma, mas a sugestão é digitar termos em inglês para aumentar o número de resultados. Isto porque a literatura científica é, em sua maioria, publicada em inglês.
O DOI, Digital Object Identifier (Identificador de Objeto Digital em português), é um código único formado por um padrão de números e letras que identificam publicações digitais. O PMID, por sua vez, é um número exclusivo atribuído a cada citação do PubMed, uma plataforma de pesquisa científica na área da saúde.
Os treinamentos on-line do Portal de Periódicos da CAPES são gratuitos e ensinam como otimizar a pesquisa por meio de cada tipo de busca.